קבוצת הכדורגל בני סכנין הוקמה בשנת 1982, ושיחקה בשנים הראשונות לאחר הקמתה בליגה ג' מחוז "מפרץ", ואחר כך במחוז "גליל מערבי". במרץ 1986 השיגה את הניצחון הגבוה ביותר שלה מעולם, כאשר ניצחה את קבוצת הפועל סג'ור בתוצאה 14-0. הקבוצה עלתה לליגה ב' בעונת המשחקים 1989/90.בשנת 1991 התאחדה עם קבוצת הפועל סכנין אשר גם שיחקה בליגה ב'. את הקבוצה המאוחדת הוביל היו"ר מאזן גנאים, ובעונת 1997/1998 שיחקה הקבוצה לראשונה בליגת המשנה (הליגה הארצית דאז). בשנת 2003 העפילה הקבוצה לליגת העל לראשונה בתולדותיה, לאחר שסיימה במקום השני בליגה הלאומית, אחרי מכבי אחי נצרת, עם נקודה אחת יותר מהפועל ירושלים שסיימה במקום השלישי. כמאמן הקבוצה הוחתם אייל לחמן. בעונתה הראשונה בליגת העל (2003/2004), זכתה בגביע המדינה לאחר ניצחון 4–1 על הפועל חיפה במשחק הגמר, משערים של אבי דנן, גבריאל לימה, וצמד שערים של ליאור אסולין. סכנין הייתה הקבוצה הערבית הראשונה בישראל שזכתה בתואר כלשהו, והקבוצה הראשונה בישראל שזוכה בגביע המדינה בעונה הראשונה שלה בליגה הראשונה. בליגה סיימה הקבוצה במקום העשירי. זכייתה של סכנין בגביע המדינה הקנתה לה כרטיס לגביע אופ"א. בסיבוב הראשון של המפעל הוגרלה סכנין מול קבוצת פרטיזן טירנה האלבנית אותה ניצחה סכנין בתוצאה 6–1 (0-3 ו-1–3) בסיכום שני המשחקים, והעפילה לסיבוב הבא בו הוגרלה למשחק מול ניוקאסל יונייטד האנגלית. במשחק הראשון בסנט ג'יימס פארק נוצחה סכנין בתוצאה 0–2, ובמשחק הגומלין באצטדיון רמת גן הובסה סכנין בתוצאה 1–5 והודחה מהמפעל. בעונת 2004/2005 נשמעה ביקורת כנגד המאמן אייל לחמן, על סגנון המשחק הפיזי עד ברוטלי שהוא הקנה לשחקניו. בסופו של דבר, רצף הפסדים גרם להתפטרותו וסגנון המשחק של הקבוצה הפך לרך יותר. הקבוצה ניצלה מירידה לאחר שסיימה את העונה במקום העשירי, נקודה אחת מעל הקו האדום. בסוף עונת 2005/2006, לאחר שלוש עונות בליגת העל, ירדה הקבוצה לליגה הלאומית לאחר שסיימה את העונה במקום האחרון, אך בעונת 2006/2007 עלתה שוב לליגת העל, כשהבטיחה את עלייתה חמישה מחזורים טרם סיום משחקי הליגה. בגביע המדינה הגיעה סכנין עד לשלב רבע הגמר לאחר שהדיחה בדרך את מכבי נתניה ומכבי תל אביב מליגת העל, בתוצאה זהה - 2–1. סכנין הודחה ברבע הגמר על ידי הפועל תל אביב בתוצאה 0–3. בעונת 2007/2008 סיימה סכנין במקום הרביעי בליגת העל שהקנה לה כרטיס לגביע האינטרטוטו. הצלחת הקבוצה הביאה לביקוש לשחקניה וכך בפגרה שלפני עונת 2008/2009, שניים מכוכביה העיקריים, מאור בוזגלו ואיליה יבוריאן, עברו למכבי תל אביב, ואילו מאמנה אלישע לוי חתם במכבי חיפה, ביחד עם קשר הקבוצה ג'ון קולמה. אייל לחמן שוב מונה כמאמן הקבוצה בנובמבר 2008, אך פוטר במרץ 2009 שוב עקב תלונות על סגנון המשחק הפיזי שהנהיג בקבוצה.בגביע האינטרטוטו התמודדה סכנין בסיבוב השני מול קבוצת רנובה המקדונית אותה ניצחה סכנין בתוצאה 3–1 בסיכום שני המשחקים. בסיבוב השלישי הוגרלה סכנין מול דפורטיבו לה קורוניה הספרדית. במשחק הראשון שנערך באצטדיון קריית אליעזר נוצחה סכנין בתוצאה 1–2, ובמשחק הגומלין באצטדיון ריאזור נוצחה סכנין בתוצאה 0–1 והודחה מהמפעל. בליגה סיימה סכנין במקום התשיעי, בנוסף הודחה מרבע גמר גביע המדינה בהפסד 0–1 למכבי נתניה. בעונת 2009/2010 סיימה סכנין בראש הפלייאוף האמצעי במקום השביעי, בנוסף הודחה משמינית גמר גביע המדינה בהפסד 1–2 למ.ס אשדוד. בעונת 2010/2011, בהדרכתו של המאמן מרקו בלבול, סיימה סכנין במקום ה-13 בפלייאוף התחתון, וניצלה מירידה. בעונת 2011/2012, בהדרכתו של המאמן שלומי דורה, סיימה הקבוצה את העונה הרגילה במקום השלישי בטבלה, והעפילה לפלייאוף העליון. בתום הפלייאוף סיימה הקבוצה את העונה במקום השמיני. דורה המשיך בקבוצה גם בעונת 2012/2013, אך פוטר לפני משחקי הפלייאוף לאחר שהקבוצה נקלעה לתחתית הטבלה, ובמקומו מונה שוב מרקו בלבול. בהדרכתו של בלבול סיימה הקבוצה את משחקי הפלייאוף התחתון ללא אף הפסד, ובמחזור האחרון ניצלה מירידה כשסיימה במקום ה-12, מקום אחד מעל הקו האדום. בגביע המדינה הודחה הקבוצה ברבע הגמר על ידי עירוני קריית שמונה. בעונת 2013/2014 הוביל בלבול את הקבוצה למקום השישי בפלייאוף העליון. בגביע המדינה הודחה הקבוצה בשמינית הגמר על ידי הפועל ראשון לציון מהליגה הלאומית. לקראת עונת 2014/2015 מונה גיא לוי למאמן הקבוצה, אך פוטר ממנה ב-5 בדצמבר 2014 לאחר 11 מחזורים עקב חוסר הצלחה ממושך, במקומו מונה אלי כהן, והקבוצה סיימה את העונה במקום השביעי (הראשון בפלייאוף התחתון). בתחילת העונה קיבל בני סכנין תרומה מקטר, לאחר שהקבוצה נקלעה לקשיים תקציבייםבדצמבר 2015 מונה יוסי אבוקסיס למאמן הקבוצה, ובתום עונת 2015/2016 העפילה הקבוצה לפלייאוף העליון, וסיימה את העונה במקום החמישי בטבלה. בגביע המדינה הגיעה הקבוצה עד חצי הגמר, אך הפסידה 2–3 למכבי תל אביב. גם בעונת 2016/2017 העפילה הקבוצה לפלייאוף העליון וסיימה במקום החמישי עם סיום הליגה. בגביע המדינה הודחה הקבוצה בשמינית הגמר לאחר שהפסידה 1–2 לבית"ר ירושלים. בסוף העונה החליט אבוקסיס לא להמשיך את החוזה עם הקבוצה. לקראת עונת 2017/2018, מונה ז'אירו סבירסקי הברזילאי למאמן הקבוצה, אך הוא פוטר מהקבוצה כבר בראשית אוגוסט, ופליקס נעים מונה במקומו. נעים פוטר בינואר 2018 לאחר שהקבוצה הודחה בסיבוב ח' של גביע המדינה על ידי סקציה נס ציונה מליגה א'. במקומו מונה טל בנין למאמן הקבוצה, ואת העונה סיימה בני סכנין במקום ה-11 בטבלה. לאחר סיום העונה, ב-3 ביוני 2018 הודיעה הקבוצה כי בנין לא ימשיך בקבוצה ויסיים את חוזהו במועדון. ב-7 ביוני 2018 חתם בני בן זקן כמאמן הקבוצה לעונה אחת. ב-4 בנובמבר 2018 פורסם כי בן זקן והנהלת הקבוצה סיכמו כי המאמן לא ימשיך במועדון ואת מקומו תפס עמיר תורג'מן שחתם על חוזה לעונה וחצי. גם תחת תורג'מן התקשתה הקבוצה לצבור נקודות והוא פוטר אחרי עשרה מחזורים ובמקומו מונה גיורגי דרסליה. דרסליה פוטר אף הוא לאחר חודש וחצי בלבד, במקומו מונה זמנית חואן קרלוס העוזר. לאחר כשבועיים מונה אלדד שביט למאמן הקבוצה עד תום העונה. חילופי המאמנים הרבים בעונה לא צלחו וב-4 במאי 2019, מחזור אחד לסיום העונה, נשרה סכנין לליגה הלאומית אחרי 12 שנים רצופות בהן שיחקה בליגת העל.ב-22 ביוני 2019 מונה ניסן יחזקאל למאמן הקבוצה והחל איתה את העונה בלאומית. ב-7 באוקטובר התפטר יחזקאל מתפקידו לאחר רצף כישלונות של הקבוצה, ובמקומו מונה ב-9 באוקטובר סלימאן אזברגה. אזברגה התפטר אף הוא ב-27 בדצמבר 2019 לאחר חילוקי דעות עם הנהלת הקבוצה, ובמקומו מונה ב-4 בינואר 2020 אלדד שביט שהיה עוזרו של יחזקאל בתחילת העונה, לקדנציה שנייה בקבוצה. שביט הוביל את הקבוצה לחצי עונה שני מרשים עם שרשרת תוצאות טובות, וב-29 ביוני 2020 סיימה סכנין בתוצאת תיקו 0-0 נגד הפועל קטמון ירושלים, שנתן לה מספיק נקודות על מנת לעלות חזרה לליגת העל אחרי עונה אחת בלבד. כבר לאחר שלושה מחזורים בעונת 2020/2021, התפטר שביט מתפקידו, ובמקומו ב-18 באוקטובר 2020 מונה נסים אביטן למאמן הקבוצה. ב-27 בפברואר 2021 פוטר אביטן מהמועדון עקב חוסר הצלחה של הקבוצה בהיותה במקום האחרון בליגה. ב-1 במרץ 2021 מונה שרון מימר למאמן הקבוצה, ובחודש פברואר 2022 נפרד מהקבוצה לאחריו מונה לתפקיד חיים סילבס אך סיים את דרכו בקבוצה לאחר פחות משנה , ב-29 בנובמבר 2022 מונה קובי רפואה למאמן ובסיום העונה סיים את תפקידו, ב-17 במאי 2023 מונה סלובודן דראפיץ' - כדורגלן עבר סרבי-ישראלי למאמן בני סכנין .

הקבוצה משחקת מאז הקמתה באצטדיון דוחה בעיר. לאחר עלייתה לליגת העל בשנת 2003, הוא לא אושר על ידי ההתאחדות לכדורגל בישראל לליגת העל. באצטדיון באותה עת היו רק 2,000 מקומות ישיבה. באוקטובר 2005 הושלם שלב א' של שדרוג אצטדיון לתכולה של 4,500 מקומות ישיבה. באמצעות חבר הכנסת אחמד טיבי נעשתה פנייה לוועד האולימפי הלאומי של קטר שהסכים לתרום 10 מיליון דולר להמשך שדרוג האצטדיון, ולהקמת מגרש אימונים. כאות הוקרה הוחלט לקרוא לאצטדיון על שם בירת קטאר דוחה. ב-26 באפריל 2007, יו"ר האיגוד האולימפי של קטאר, השייח סעוד בן עבד אלרחמן וח"כ אחמד טיבי הניחו את אבן הפינה לפרויקט הרחבת האצטדיון בכ-3,500 מקומות ישיבה. בנוסף חנכו את מגרש האימונים שהוקם. פרויקט ההרחבה הושלם ביולי 2009, ומאז באצטדיון יש 8,500 מקומות ישיבה.ב-18 באוקטובר 2014 נערך באצטדיון טקס שעורר מחלוקת בישראל, בו הוענק מגן הוקרה לתורמים לקבוצה ובהם האמירות הקטרית וחבר הכנסת לשעבר עזמי בשארה שנמלט מישראל לאחר שנחשד בריגול ובסיוע לארגון הטרור חזבאללה.

ערך מורחב – היריבות בין בית"ר ירושלים לבין בני סכניןבין בני סכנין לבין בית"ר ירושלים קיימת יריבות, בעיקר בגלל השסע היהודי-ערבי בישראל, למרות ניסיונות הפישור והפיוס שנעשו על ידי ארקדי גאידמק ומאזן גנאים. יריבות זו החלה ב-2003, אז עלתה בני סכנין לראשונה לליגת העל. ב-8 בינואר 2006 מיד לאחר משחק בין הקבוצות באצטדיון דוחה, אוהדי סכנין, שיצאו ראשונים מהמגרש, יידו אבנים לעבר היציע של אוהדי בית"ר ולכר הדשא, וכתוצאה מכך המשטרה נאלצה להכניס את אוהדי בית"ר לכר הדשא, מה שגרם לעימותים בין מחנות האוהדים שנותרו באצטדיון. כ-20 אנשים נפצעו בתקרית.

גביע המדינה: זכייה (1): 2003/2004

עונות בליגת העל: 15 הישג השיא בליגה העליונה: מקום 4 בעונת 2007/2008 המיקום הנמוך ביותר: מקום 10 בליגה ב' בעונת 1991/1992 הניצחון הגבוה ביותר: 0-5 על עירוני קריית שמונה (2011/2012) ההפסד הגבוה ביותר: 7-0 מול מכבי נתניה (2020/2021) שיא ניצחונות לעונה: 15 (2007/2008, 2011/2012) שיא הפסדים לעונה: 18 (2005/2006, 2010/2011) שיא נקודות לעונה: 60 (2019/2020) שיא שערים לעונה: 60 (2011/2012) שיא ספיגות לעונה: 54 (2005/2006)

מלך ההופעות בכל הזמנים: חאלד חלאילה - 482 הופעות מלך השערים בכל הזמנים: אחמד קסום - 31 שערים מלך השערים לעונה אחת: אורן מוחרר - 16 שערים (ליגה לאומית בעונת 2000/2001)

להלן רשימת המאמנים של בני סכנין מאז תחילת שנות ה-2000:

ראו גם: קטגוריה:כדורגלני בני סכנין

מעודכן ל-2 בנובמבר 2023

זוהיר בהלול, רמי ברוש, יגאל ביטון, האנציקלופדיה לכדורגל ישראלי, כרך ג', עמ' 253 - 256, הוצאת ישראגול, 2011