היישוב הוקם ביוזמת המושב הסמוך צור נתן בסוף שנות ה־90 של המאה ה־20 במסגרת יוזמה לבניית 2,300 יחידות דיור על הקרקעות החקלאיות של המושב. שינוי יעוד הקרקע נעשה על-פי החלטה של מינהל מקרקעי ישראל, לפיה המושב יקבל 49% מהקרקע המופשרת. בהמשך שונתה ההחלטה וחלקו של המושב פחת. רוב הקרקעות שווקו ישירות על ידי מינהל מקרקעי ישראל לקבלנים ולעמותות בין השנים 2002 ל-2004. טקס הנחת אבן הפינה ליישוב נערך ב-9 בספטמבר 2005. בשנת 2007 מכר מושב צור נתן לחברת מבני תעשייה 220 דונם ביישוב תמורת 51 מיליון שקל. באוגוסט 2006, המליצה המועצה הארצית לתכנון ולבנייה שהיישוב צור יצחק יאוחד עם היישובים כוכב יאיר וצור יגאל, ולא יוכרז כיישוב עצמאי במסגרת המועצה האזורית דרום השרון. המועצה הארצית נימקה את החלטתה בכך, שמדיניות התכנון מעדיפה חיזוק של יישובים קיימים על פני הקמת יישובים חדשים, ואיחוד רשויות על פני הקמת ישות מוניציפלית חדשה. לאחר מאמצים רבים שנמשכו שנים, וכללו דיונים במוסדות התכנון וועדת חקירת גבולות, החליטה ממשלת ישראל ב-9 באוגוסט 2012, על הכרה בצור יצחק כיישוב קהילתי חדש בתחום המועצה האזורית דרום השרון. משרד הפנים הקים ועדת חקירה לבחינת הפיכתה של צור יצחק למועצה מקומית או צירופה למועצה מקומית כוכב יאיר – צור יגאל. אולם ב-2017 הוקמה ועדת גבולות חדשה שהמליצה על איחוד היישובים. עם זאת, נכון לתחילת 2024 טרם בוצע שינוי במעמד היישוב.

היישוב מאופיין באוכלוסייה צעירה. כן מאפיינת אותו בנייה רוויה ברובו, אך קיימת בו גם שכונה של בתים צמודי קרקע אשר נחשבים כבתים ״דו משפחתיים״. ביישוב שני בתי ספר יסודיים, חטיבה אחת, 25 גני ילדים לגילאים 3–6 שני מעונות יום לגילאים 0–3, וחטיבה צומחת בבניה אשר תתחיל את פעילותה בשנת הלימודים 2022/2023. תלמידי התיכון מהישוב לומדים בחטיבה בצור יצחק. היישוב תוכנן מיסודו כך שכלל תשתיותיו יהיו נסתרות לעין. תשתיות החשמל, התקשורת, המים, הביוב, פחי האשפה – כולן תת־קרקעיות. ביישוב קניון בן אלפי מטרים של שטחי מסחר ותעסוקה, ונחשב כמקום בילוי המרכזי לתושבי היישוב ותושבי הסביבה.