בשנת 1999 אמדורסקי נישא למיכל אמדורסקי. לשניים נולדו שתי בנות. הם התגרשו בשנת 2008. ב-2014 נישא אמדורסקי בשנית להדר ג'וזפין ג׳בוטרו מהיישוב הקהילתי שמשית.

אסף אמדורסקי (1994) אסף אמדורסקי (1996) מנועים שקטים (1999) (אלבום זהב) קדימה אחורה (2005), אלבום גרסאות כיסוי. הרי את (2008) (אלבום זהב) צד א' (2011) שרים הדודאים - במשותף עם ישראל גוריון (2013) (אלבום זהב) פה (2016) שרים הדודאים 2 - במשותף עם ישראל גוריון (2018) 432 (2021)